В альтернативном мире науки и магии где-то в Южной Японии все так же стоит чудесный город, где живет Тома Камидзё, который спас мир, но потерял память. Впрочем, парень мог забыть о своих подвигах или о школьном задании на лето, но никак не о шумном создании в белом, которое поселилось в его скромной квартирке. Разумеется, Индекс снова втягивает Тому в историю, где фигурируют запретные книги, английские рыцари, римские католики и японские заговорщики, а мы встречаемся со старыми знакомыми из предыдущих сезонов.

А пока Тома проклинает свое вечное невезение, в предместьях Академгорода христианские маги схватываются с местными экуменистами, Мисаки и Акселератор не могут разобраться в собственных чувствах, а тайно прибывшая из Англии архиепископ Лаура мечтает сходить в японскую баню.

Грядут новые битвы, зашевелились местные тайные союзы эсперов, да и ученые Академии, явно не отягощенные моралью, предвкушают новые эксперименты. И только свежий взгляд на мир сериала помогает понять, что приключения героев - лишь часть большой картины «нового творения», в которой кое-кто из создателей Академии решил поколебать сами основы мироздания!...