Каллум Линч находился в тюрьме и даже был казнён, но неожиданно для себя он проснулся в странном загадочном месте. Вскоре герой узнал о существовании революционной технологии «Анимус», которая способна высвободить генетическую память и показать события прошлого. Каллума хотят использовать для того, чтобы он буквально вернулся в прошлое и пережил все приключения своего предка Агилара де Нерха. В итоге герой отправляется в путешествие по Испании XV века, где и жил его предок.

Агилар де Нерх является одним из членов тайного сообщества ассасинов – профессиональных убийц, обладающих невероятными навыками. Они способны победить практически любого врага и выйти победителем из любого сражения. Вместе со своим предком Каллум переживает захватывающие и опасные приключения и всё больше узнаёт о мистической составляющей мира. Чем больше герой проводит времени в «Анимусе», тем сильнее он становится. Он перенимает способности Агилара, и вскоре они ему пригодятся в реальном мире. Каллум бросает вызов ордену тамплиеров, и теперь он должен победить сильных врагов, которые намериваются захватить могущественные артефакты. Линч, обучившись искусству войны, постепенно становится таким же талантливым убийцей, каким был его прославленный предок.